De spanska flygplatserna förvaltas av Aena, världens största flygplatsförvaltare, som direkt eller indirekt ansvarar för närmare 80 infrastrukturer i flera länder (46 i Spanien, 32 i USA och en i Storbritannien).
Företaget, som ägs till 51% av den spanska staten, sade i uttalanden som publicerades på sociala medier att "det redan håller på att återställa vissa av sina system" och att i Spanien "är alla flygplatser i drift, men vissa processer utvecklas långsamt" och genererar förseningar.
Enligt Aena påverkar IT-felet främst "incheckningen" (registreringen) av passagerare och bagage samt informationspunkterna på flygplatserna, och processerna sker manuellt.
Bilder från Madrid eller Barcelonas flygplatser, de största i Spanien, som sänds på TV visar köer av passagerare vid incheckningsdiskarna.
Flygbolagen vädjar till passagerare som ska flyga idag att åka till flygplatserna tidigare än vanligt, med tanke på de långsamma processerna och eftersom det förväntas bli en mycket hektisk dag, eftersom den sammanfaller med helgen och sommarlovet.
Spanien är det andra turistmålet i världen, efter Frankrike.
Störningarna på flygplatserna är den största effekten som Microsofts haveri har i Spanien, men även andra företag som flygbolaget Vueling, banker som BBVA eller Unicaja, posten eller teleoperatören Movistar har rapporterat att de har problem med vissa system och tjänster.
Ett globalt fel i Microsofts system orsakar problem för otaliga företag, inklusive flygbolag, finans-, media- och andra branscher i olika delar av världen.
Teknikjätten Microsoft sade att man vidtog "begränsningsåtgärder".
"Våra tjänster håller på att återställas medan vi vidtar åtgärder", skrev företaget på det sociala nätverket X (tidigare Twitter).
I ett meddelande med rubriken "Degradation of Service" skriver Microsoft att användare "kanske inte kan komma åt många Microsoft 365-applikationer och tjänster".
Microsoft tillägger att man är mobiliserade och behandlar ärendet "med högsta prioritet och brådska, samtidigt som man fortsätter att hantera den pågående påverkan på återstående Microsoft 365-applikationer som är i ett försämrat tillstånd."