Nästan alla av de häktade är misstänkta för plundring och våldsamma rån i kommersiella inrättningar och privata hem, säger källor inom ministeriet, citerade av den spanska nyhetsbyrån Europa Press.
Översvämningarna i tisdags förra veckan drabbade hela kommersiella områden på flera platser i förorterna till den spanska staden Valencia, med rapporter om plundring och skadegörelse redan första dagen.
I ett uttalande till landet i lördags sade Spaniens premiärminister Pedro Sánchez att upprätthållandet av allmän ordning och säkerhet i de översvämningsdrabbade områdena var en av de omedelbara prioriteringarna för myndigheterna på plats mot bakgrund av dessa rapporter om plundring och rån i områden som var utan elektricitet.
Sánchez meddelade samma dag en förstärkt närvaro av militär personal och medlemmar av de statliga säkerhetsstyrkorna i de drabbade områdena, för räddnings- och rengöringsarbete, för att hjälpa befolkningen och garantera allmän säkerhet.
Omkring 7.000 militärer och mer än 10.000 poliser och medlemmar av civilgardet är på plats, i den största insatsen någonsin i Spaniens historia "i fredstid", sade premiärministern.
Östra Spanien, särskilt Valenciaregionen, drabbades på tisdagen av en storm som troligen orsakade de största översvämningarna i Europa under detta århundrade, sade Sánchez samma dag och medgav att det var en "tragisk situation".
Enligt myndigheterna har 217 dödsfall bekräftats och dussintals familjer fortsätter att söka efter saknade personer.
Förutom dödsfallen orsakade stormen skador på försörjnings-, kommunikations- och transportinfrastruktur.